Uso

Una vez obtenida su cuenta en el cluster (ver Requisitos), para poder correr procesos, debe tener en su directorio del servidor:

Programa compilado
Puede compilarlo directamente en el cluster o si usted tiene una máquina con Linux puede compilarlo en ella y después copiarlo.
Script de PBS
Debe estar en el mismo directorio donde tiene el programa compilado. Este script lo puede hacer con un editor de textos ASCII (emacs, vi, pico, mcedit, etc.).

Ejemplos de PBS Scripts

`#!/bin/bash`	Nombre del intérprete de comandos
`#PBS -N test`	Nombre que tendrá el proceso que corra el programa
`#PBS -r n`	El proceso no será re-ejecutable
`#PBS -e test.err`	La salida estandar de error se redirige al archivo "test.err"
`#PBS -o test.out`	La salida estandar se redirige al archivo "test.out"
`#PBS -m bae`	El manejador de colas envia un mail cuando el proceso empieza y aborta o termina
`#PBS -l cput=05:00`	Declara que el proceso hará uso del recurso "cput" en a lo más 5 minutos
`#PBS -q default`	Encola el proceso en la cola por defecto
`cd $PBS_O_WORKINGDIR`	Cambia al directorio local de trabajo
`./miPrograma`	Nombre del programa a ejecutar

El script se guarda con algún nombre, por ejemplo pbs_miprograma.sh, y luego se lo envia al manejador de colas de procesos con el comando qsub pbs_miprograma.sh. La casilla de correo local contendrá los mails con la información de comienzo y finalización o aborto. Todos los parámetros incluidos en el PBS Script pueden ser consulados en la manpage de qsub o en el manual en línea de PBS

Una vez enviado el trabajo, el planificador de PBS lo encolará en la cola de mayor prioridad que acepte los requerimientos de recursos declarados con el modificador -l. En caso de que PBS detecte que el proceso ocupa más recursos que los declarados, éste será automáticamente abortado.

Este es otro ejemplo de un PBS Script que aprovecha los valores por defecto que se asumen.

#!/bin/bash Nombre del intérprete de comandos

#PBS -m bae El manejador de colas envia un mail cuando el proceso empieza y aborta o termina

#PBS -l mem=20MB,cput=32:10:00 Declara que el proceso hará uso de los recursos "mem" en menos de 20MB y "cput" en menos de 32 horas y 10 minutos

cd $PBS_O_WORKINGDIR Cambia al directorio local de trabajo

./miPrograma Nombre del programa a ejecutar

Por defecto si el nombre del proceso no es declarado se toma el nombre del PBS Script, asi como para los archivos a los que se redirigirá el STDOUT y STDERR. Tampoco es necesario declarar que el proceso no es re-ejecutable y que la cola es la default.

Monitoreo y Manipulación de los Procesos

Línea de Comandos

`qstat`	Estadísticas de las colas
`qdel`	Remueve de la cola o mata un proceso mediante su Id
`qorder`	Cambia el orden de un trabajo en la cola de espera.
`qmove`	Mueve un trabajo a otra cola
`qsig`	Envía señales a un proceso
`pbsnodes`	Lista el estado de los nodos de ejecución.

Todos estos comandos requieren argumentos y modificadores que pueden ser consultados en sus respectivas manpages.

Interface Gráfica

`xpbs`	Manejador integral de colas
`xpbsmon`	Monitor

Estos programas son en realidad clientes del servidor PBS, con lo cual el primer paso antes de poder utilizarlos es indicarle que el servidor es deepblue.famaf.unc.edu.ar. En ambos programas este parámetro se encuentra dentro de las preferencias.

En general xpbs permite realizar cualquier operación, desde el monitoreo hasta el envío de trabajos.

En caso de que estos programas no corran por problemas con el display remoto, será necesario hacer dos cosas: indicarle a la nuestra máquina local que se aceptan conexiones X desde el server de colas (xhost deepblue.famaf.unc.edu.ar) y que el server que exporte el display a nuestra máquina local (export DISPLAY=mimaquina.famaf.unc.edu.ar:0).

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